Estudió la licenciatura en la Facultad de Filosofía y Letras (UNAM) y es doctor en Historia por el Colegio de México. Fue secretario del Comité Mexicano de Ciencias Históricas y es coordinador académico del Centro de Estudios Históricos. Desde una perspectiva que conjuga la historia cultural y la microhistoria, sus investigaciones se centran en la historia de la inquisición en el mundo católico, la ilustración, las conspiraciones, la censura y la opinión pública en el siglo XVIII. Libros principales: Los últimos años de la Inquisición en la Nueva España, México (2004)), Opinión pública y censura en Nueva España (2010) e Historia mínima de la inquisición (2019). Actualmente trabaja en un proyecto de sistematización sobre la actividad inquisitorial del tribunal de la Inquisicion en México en el siglo XVIII.
Juan Antonio Montenegro (1768-1833) fue uno de los más activos precursores de la Independencia de México. Era partidario de las ideas políticas de Rousseau, Voltaire y Montesquieu, y aseguraba también que "en cualquier religión se puede uno salvar porque la religión es pura política de la que se han servido para someternos". El Santo Oficio de la Inquisición lo encarceló por sus ideas.